Argumento

En 2016 Abstergo continúa con el proyecto Animus, después desarrollan en Madrid (España) una nueva versión mejorada del Animus, llamada Animus 4.3 el cual permite al sujeto sincronizarse más fácilmente con su antepasado y mejorar sus técnicas de combate, pero a su vez tiene mayor probabilidad de que el efecto sangrado le afecte, o a sufrir una desincronización. Callum Lynch es ejecutado debido a un asesinato, y este al despertar, se encuentra en una habitación con Sophia Rikkin, la cual le explica que se encuentra en Madrid, en los laboratorios de Abstergo. Tras un análisis del lugar, Callum descubre que es una especie de prisión, donde se encuentran más sujetos como él. Callum es introducido en al Animus, pero no de forma voluntaria, lo cual provoca que el sujeto no se sincronice correctamente, después de esa primera fallida sincronización, Sophia le enseña datos de sus antepasados a Callum para convencerlo de que este, colabore activamente y lograr una sincronización completa. Este accede, y debido a esto es acosado en el comedor por el resto de asesinos recluidos en los laboratorios. Callum revive momentos de la vida de Aguilar, como un Auto de fe en Madrid, escenas de acción, el famoso salto de fe de la franquicia, o las capitulaciones de Granada. También, se muestra como Aguilar de Nerja entrega a Cristóbal Colón un Fruto del Edén. Abstergo manda a Sophia y Alan Rikkin a la Catedral de Santa María de la Sede de Sevilla, donde esta su sepultura, recogen el fruto y viajan a Londres.

Callum, mientras acaba su última sesión en el Animus, es ayudado por los asesinos que le acosaban, para huir del laboratorio, en mitad de la pelea, Callum tiene una visión en la cual, varios asesinos y su madre le inician en la Hermandad de los Asesinos. Al acabar la pelea y resultar los asesinos victoriosos, estos huyen de la zona y viajan a Londres. Mientras tanto, los Templarios tienen una reunión para enseñar los avances del proyecto Animus, en la cual se encuentran los altos mandos de la Orden. Mientras Alan Rikkin enseña el fruto y los avances, Callum entra al lugar, asesina a Alan, roba el fruto y escapa, creando el pánico y la confusión en el lugar, mientras llegan los servicios de emergencias, Callum se reúne con sus compañeros, y se suben a un edificio, para realizar un último salto de fe.